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Pulsed-Field-Gelelektrophorese (PFGE) oder nur Pulsed-Field-Elektrophorese ist eine Methode zur schnellen und genauen Längenbestimmung von DNA-Stücken, z. B. zur Bestimmung des Genetischen Fingerabdruckes. Der Unterschied zur normalen Agarose-Gelelektrophorese besteht darin, dass kein zeitlich homogenes Feld angelegt wird, sondern gelegentlich für kurze Zeit umgepolt wird. Bei normaler Elektrophorese wandern große DNA-Stränge (ca 30-50 kbp) etwa gleich schnell, unabhängig von ihrer Größe. Durch Umpolen kann die Auflösung in diesem Bereich erheblich verbessert werden. Die theoretischen Grundlagen sind nicht genau erforscht, jedoch macht sich dieses Verfahren die größere „Trägheit“ der größeren Stücke zu eigen, die sich dem wechselnden Feld nur langsam anpassen können. Man kann sich das so vorstellen: Die verschiedenen Stränge „verhaken“ sich in den Verstrebungen des Geles, durch die kurzen Umpolphasen lösen sich die kürzeren Stränge, für die längeren reicht die Zeit nicht - im Mittel beschleunigt man also relativ kürzere Stränge im Vergleich zu ganz langen. Auf kurze Stücke hat das Verfahren keine Auswirkung; hier ist die Auflösung ohnehin gut genug. Die PFGE stellt eine wichtige Möglichkeit zur Typisierung von bakteriellen Erregern dar, die der Erfassung der Epidemiologie des Erregers dienen kann.
