6-FAM-phosphoramidit

Strukturformel
Allgemeines
Name	6-FAM-phosphoramidit
Andere Namen	6-FAM-amidit (3',6'-Dipivaloylfluoresceinyl)-6-carboxamidohexyl)- 1-O-(2-cyanoethyl)-(N,N-diisopropyl)-phosphoramidit 2,2-Dimethylpropansäure-1,1'-[6-[10-[bis(1- methylethyl)amino]-13-cyano-1-oxo-9,11-dioxa- 2-aza-10-phosphatridec-1-yl]-3-oxospiro [isobenzofuran-1(3H),9'-[9H]xanthen]- 3',6'-diyl]ester (IUPAC)
Summenformel	C46H58N3O10P
CAS-Nummer	204697-37-0
PubChem	16211911
Kurzbeschreibung	schwach gelbes Pulver[1]
Eigenschaften
Molare Masse	843,94 g·mol−1
Aggregatzustand	fest
Sicherheitshinweise
GHS-Gefahrstoffkennzeichnung H- und P-Sätze H: ? EUH: ? P: ?
Soweit möglich und gebräuchlich, werden SI-Einheiten verwendet. Wenn nicht anders vermerkt, gelten die angegebenen Daten bei Standardbedingungen.

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6-FAM-phosphoramidit, auch 6-FAM-amidit, ist das Phosphoramidit-Derivat des 6-Carboxyfluorescein (FAM), ein Fluoreszenzfarbstoff, der bei Real-Time-PCR-Assays (z. B. in TaqMan^®-Sonden) zum quantitativen Nachweis von Nukleinsäuresequenzen verwendet wird.

6-FAM-phosphoramidit ist ein Reporter-Farbstoff, der kovalent an das 5’-Ende der Sonde gebunden ist, die für das Farbsignal der Reaktion verantwortlich ist. Die Anregungswellenlänge von 6-FAM-phosphoramidit liegt bei 488 nm, die Emissionswellenlänge bei 518 nm. Am 3’-Ende der Sonde ist ein Quencher-Farbstoff gebunden (z. B. TAMRA). Die mit einer 5’-Exonukleaseaktivität ausgestattete Taq-Polymerase löst den Reporterfarbstoff von der DNA ab. Nach der vollständigen Synthese des PCR-Produkts wird auch der Quencherfarbstoff frei. Durch die räumliche Trennung gibt der Reporterfarbstoff nach Anregung ein Fluoreszenzsignal. Wird hingegen die intakte Sonde angeregt, so unterdrückt der Quencherfarbstoff aufgrund der räumlichen Nähe zum Reporterfarbstoff dessen Fluoreszenz.

Einzelnachweise

Weblinks

• Thomas A. Schild: Einführung in die Real-Time Taqman PCR-Technologie. 7700 SDS Workshop